Sonnenborgh maakt al eeuwen onlosmakelijk deel uit van de stad Utrecht en zo ervaren we dit ook. De gemeente steunt Sonnenborgh op verschillende manieren: financieel, op het gebied van monumentenbehoud en als participant in het Museumkwartier. Het is een van onze belangrijkste partners.

De universiteit is een groot en veelzijdig kenniscentrum dat onderwijs en onderzoek van internationale kwaliteit biedt. Sonnenborgh was het sterrenkundig instituut van de universiteit, in 1986 verhuisde dit naar De Uithof. Sonnenborgh straalt nog steeds dit verleden uit en de universiteit is nog steeds een partner o.a. door personele steun.

Het K.F. Hein Fonds Monumenten stelt zich ten doel monumenten en beeldbepalende panden in de regio Utrecht aan te kopen, te restaureren en te verhuren aan instellingen die werkzaam zijn op de aandachtsgebieden van het fonds. Het K.F. Hein Fonds Monumenten ontfermt zich sinds 2000 over Sonnenborgh.

Het Koninklijk Nederlands Meteorologisch Instituut (KNMI) zag in 1854 het daglicht op Sonnenborgh en verhuisde In 1897 naar De Bilt. Het KNMI is nog steeds nauw verbonden met Sonnenborgh onder andere bij de inrichting van exposities, zoals Meten = weten! en de Weerzaal.

Het IMAU, het universitair Instituut voor Marien en Atmosferisch onderzoek Utrecht, draagt bij aan het onderzoek naar klimaat en klimaatverandering door fundamenteel onderzoek naar oceanen, atmosfeer en cryosfeer (ijs). Het IMAU steunt regelmatig de activiteiten en projecten van Sonnenborgh met betrekking tot meteorologie.

Utrecht Marketing is de centrale citymarketing organisatie van de stad Utrecht. Sonnenborgh maakt deel uit van een groeiend partnernetwerk dat als doel heeft om het imago van Utrecht als (internationale) toeristenstad te versterken en de kwaliteit van de ontvangst voortdurend te verbeteren.

Musea Utrecht is een initiatief van de Stichting Utrechts Museumkwartier. Dit is een samenwerkingsverband van Utrechtse musea. De stichting heeft tot doel de gezamenlijke marketing van de Utrechtse musea vorm te geven en de samenwerking tussen de musea te bevorderen.

Cultuur & School Utrecht is het coördinatiepunt dat scholen begeleidt en ondersteunt bij het grootschalige ‘buiten de school’ georganiseerde cultuuraanbod voor het primair onderwijs.

De Museumvereniging is een vereniging van Nederlandse musea. Ruim vijfhonderd musea zijn bij de vereniging aangesloten. De Nederlandse Museumvereniging richt zich op de belangenbehartiging en de professionalisering van haar leden en het bevorderen van museumbezoek. 

De VSC, vereniging van samenwerkende centra en musea in wetenschap en techniek, is een belangenbehartiger die centra en musea in Nederland en Vlaanderen van zeer uiteenlopende signatuur, omvang en omzet vertegenwoordigt.

De Koninklijke Nederlandse Vereniging voor Weer- en Sterrenkunde is een federatie van 52 verenigingen en stichtingen in Nederland, die allemaal als doel hebben om de weer- en sterrenkunde te populariseren.

PlaNed is een vereniging van samenwerkende Nederlandstalige planetaria in België en Nederland. 

Sonnenborgh is sinds 2023 lid van de FORMS-community: een internationale groep van culturele instellingen die een toekomstgerichte culturele en museale sector nastreven.